Departemen Biologi Mulut memberikan ilmu tentang struktur, pertumbuhan, perkembangan dan fungsi mulut dan jaringan sekitarnya yang termasuk dalam sistem stomatognatik serta mekanisme imunologi rongga mulut. Kajian meliputi jaringan gigi, jaringan lunak mulut, jaringan periodontal, tulang rahang, sendi rahang, otot pengunyahan dan menelan, kelenjar ludah, cairan mulut, pembuluh darah, saraf dan pembuluh limfatik, sehingga mahasiswa mampu menjelaskan fenomena yang terjadi pada sistem stomatognatik baik normal maupun menyimpang.

Aspek esensial dari studi Biologi Mulut adalah menjembatani ilmu praklinis (biomedis atau praklinik) dengan ilmu klinis sebagai persiapan sebelum menghadapi pasien di Rumah Sakit Gigi dan Mulut (RSGM). Penelitian unggulan yang dilakukan di Departemen Biologi Mulut adalah imunologi molekuler penyakit periodontal karies gigi, dan biologi molekuler rasa.